In Jumping Little Ninja besteht deine Aufgabe einzig darin, möglichst hoch hinaus zu kommen und dabei möglichst viele Punkte zu ergattern. Punkte erhälst du allerdings nur, wenn du von einem Gerüst zum nächsten springst, ohne dass dieses rot und somit glühend heiß ist. Triffst du solch ein Gerüst, wirst du Punkte verlieren. Mit Hilfe der Maus kannst du die Richtung in die du springen willst, beeinflussen. Pass jedoch auf, denn fällst du ganz runter ist das Spiel sofort beendet. Du kannst auf einem Gerüst auch mehrfach springen, wenn du dir nicht beim ersten Mal gleich sicher bist, dass du das nächste höhere Gerüst auch erreichst.